Nestankom Jugoslavije prestala je potreba za Muzejem revolucije naroda i narodnosti Jugoslavije i za Memorijalnim centrom „Josip Broz Tito“, pa su oko 200.000 eksponata iz te dve institucije 1996. godine pripale novoformiranom Muzeju istorije Jugoslavije. U vreme osnivanja prostor Muzeja je bio znatno veći, ali je 1997. godine Slobodan Milošević zidom odvojio i prisvojio bivšu Titovu rezidenciju, Lovačku kuću, Bilijarnicu i Ovalnu zgradu, pa su u sastavu MIJ-a ostala tri objekta: Muzej „25. maj“, Kuća cveća i Stari muzej. Stalna postavka je u Kući cveća i u Starom muzeju, a u „25. maju“ je galerijski prostor za izložbe zbirki muzeja i gostujuće izložbe, depo i kancelarije.
Kuća cveća je pet godina, do Titove smrti, bila njegova zimska bašta za odmor i rad. Njen projektant je Stjepan Kralj. Centralni deo, cvetna bašta, 1980. godine preinačen je u mesto gde je Tito sahranjen, a u dva paralelna prostora nekad namenjena za rad, sada su stalna postavka Titovih štafeta i Spomen soba.
ŠTAFETE: Muzej istorije Jugoslavije čuva, pored ostalog, i 22.000 štafetnih palica načinjenih između 1945. i 1986. godine, u kojima su poruke i pozdravi jugoslovenskih naroda Titu za njegov rođendan prenošene celom Jugoslavijom. Izrađivane su od najraznovrsnijeg materijala, imaju razne oblike, njihovi autori su birani umetnici, simbolišu bratstvo i jedinstvo jugoslovenskih naroda i znače narodnu odanost i ljubav prema Titu.
SPOMEN SOBA: Titova Spomen soba je postavljena namenski, po rečima Katarine Živanović, v.d. direktora Muzeja, zbog brojnih stranih delegacija koje posećuju Kuću cveća. U njoj je, naime, knjiga utisaka, smeštena u ambijent salona u kome su radni sto, fotelja i biblioteka urađeni u tradiciji ohridske duborezačke tradicije, poklon nekadašnje republike Makedonije Titu.
STARI MUZEJ: Zgrada Starog muzeja u kojoj je sada etnografska zbirka, sazidana je po idejnom rešenju arhitekte Branka Bona 1964. godine i namenjena je za čuvanje i izlaganje poklona koje je dobijao Josip Broz. Najnovija postavka Starog muzeja nazvana je „Put oko sveta za 23 minuta“ zato što posetiocu treba tačno toliko da pročita sve legende koje objašnjavaju eksponate. Za ovu postavku izabrani su najeksluzivniji između 4000 predmeta iz etnografske zbirke Muzeja. Na ponuđenom „Putu oko sveta“ moguće je, pored ostalog, saznati da je šamšir, vrsta sablje, imao aerodinamični oblik kako bi bio lak za rukovanje prilikom jahanja; da je etiopski štit otporniji od drugih zato što ima poseban zasvođen oblik postignut naročitim načinom savijanja kože nosoroga, antilope ili slona preko kamena; da je ženski tanto, odnosno kaiken – tradicionalni japanski mač sa duplom oštricom – bio deo svadbenih poklona koji su žene nosile zadenutog za pojas i koristile u samoodbrani (izloženi primerak je iz 14. veka); da su na kraju drške srpastog noža poglavice naroda Mangbetu iz Konga dve izdužene lobanje simbol idealne lepote ovog naroda; da bodež katar iz Indije ima jedno šuplje sečivo unutar koga se nalazi manje koje se pojavljuje kada se drška pritisne; da je karnevalski kostim Oruro iz Bolivije personifikacija boga planina čiji je kult izuzetno razvijen oko jezera Titikaka; da su predstave indonežanskog pozorišta lutaka trajale tri dana i noći bez pauze; da je u 19. veku škrinja i ono što je u njoj bilo jedino vlasništvo žena s naših područja tokom braka…
„25. MAJ„: Zgrada Muzeja „25. maj“ otvorena je 1962. godine kao rođendanski poklon Titu od Beograda. Projektovao ju je arhitekta Mika Janković kao muzej namenjen za izlaganje i čuvanje poklona koje je Tito dobijao. Od pre dvadesetak godina umesto stalne postavke u njegovom izložbenom prostoru organizuju se tematske izložbe. Pomenimo nekoliko najnovijih: „Božanstveni svetovi“ – preko 200 grafičkih listova iz dva opusa Salvadora Dalija, izložbu je posetilo 21.606 posetilaca; „Iza gvozdene zavese“ – zvanična i nezvanična umetnost u Sovjetskom Savezu i Poljskoj 1945–1989. godine, videlo ju je 7388 ljudi; izložbu „Joko, Lenon, Tito“, zasnovanu na mirovnoj akciji para Joko-Lenon u kojoj su oni slali žirove na adrese 50 svetskih državnika, pa i Titu, s molbom da u ime mira zasade hrast, videlo je 31.217 posetilaca; izložba „Ženska strana“ prikazala je ulogu žene u Jugoslaviji od četrdesetih do šezdesetih godina a videlo ju je 24.904 posetilaca; „Tito foto“ je bio izbor fotografija čiji je autor Tito iz muzejske zbirke u kojoj su 473 filma lajka formata i oko 200 polaroid snimaka. Na izložbu su došla 1852 posetioca.
TEMATSKE ZBIRKE: U depoima se čuva dvadesetak tematskih zbirki koje predstavljaju ogledalo ideologije i vrednosnog sistema države koje više nema. Njihovi eksponati datiraju od praistorije do današnjih dana, a najmlađi je virtuelni domen „.yu“. Katarina Živanović objašnjava da fizička prisutnost nije uslov da neka građa postane muzejska, a da domen „.yu“ svedoči o tehničkom razvitku područja bivše SFRJ pa joj je zato mesto u Muzeju. Mnogi eksponati iz depoa su deo nacionalnih baština područja iz kojih potiču, za zbirke štafeta i Titovih odlikovanja sme se reći da su jedinstvene u svetu, dok je manje-više ceo fond MIJ-a atraktivan javnosti samim tim što je vezan za Tita i njegovo vreme.
Na primer, u Zbirci primenjene umetnosti, u kojoj je inače oko 2500 predmeta, nalaze se, pored ostalog fragmenti Mesečeve površine koje su Titu darovali astronauti Apola 11 Armstrong, Oldrin i Kolins, kada su na turneji kroz 22 zemlje sveta posetili i Tita, zatim pribor za jelo od 180 kašika, viljuški i ostalog escajga od srebra, u elegantnoj četvorospratnoj kutiji – poklon od predsednika Indonezije Sukarna, posuda sa poklopcem na kojoj je ugraviran natpis sa imenima darodavaca „To marshal Tito & Mrs Broz Happy Xmas with great admiration and attention Elizabeth & Richard Burton 1971“ .
Interesantni su i predmeti iz Zbirke istorijsko-memorijalnih predmeta. Tamo je 587 njegovih pribora za pisanje, pribora za pušenje, časovnika, šahovskih figura i sličnih ličnih predmeta, kao i 665 predmeta koji su pripadali istorijskim ličnostima Titovog doba. U Zbirci starog oružja je 180 primeraka hladnog i vatrenog oružja, među kojima i sablja iz Etiopije koja se daruje samo onima koji su se borili za svoj narod i pobedili u ratu, zatim sablja koja se daruje samo maršalima Crvene armije (Tito je prvi stranac koji ju je dobio), pa sablja šaha Abasa Drugog koji je vladao Persijom u 17. veku…
Prirodnjačka zbirka čuva 583 eksponata rogova, kljova, krzna raznih životinja, preparirane životinje od kojih je neke ustrelio Tito lično, zatim plakete i minerali. Kuriozitet Fonografske zbirke je 135 gramofonskih ploča sa govorima poglavnika NDH u Zagrebu, i 1681 ploča domaćih i stranih izvođača. U Likovnoj zbirci sa oko 4000 eksponata dominiraju dela domaćih autora. Među njima su radovi Save Šumanovića, Paje Jovanovića, Riste Stijovića, Vlaha Bukovca, Nadežde Petrović, Milana Konjovića, Petra Dobrovića, Marka Čelebonovića, Krste Hegedušića… U njoj je i mapa grafičkih otisaka iz Gojinog opusa Kapričose, dvadesetak dela holandskog, ruskog, flamanskog, italijanskog, francuskog porekla i drugo.