Jedno od najvažnijih pitanja u radu Komisije bilo je pitanje otkrivanja do sada nepoznatih lokacija masovnih grobnica srebreničkih žrtava. Imajući u vidu političko okruženje i druge prikupljene materijalne dokaze, Komisija je zaključila da se većina relevantnih i provjerenih informacija o ovom pitanju može dobiti od involviranih subjekata Republike Srpske (Ministarstvo odbrane, Vojska Republike Srpske, Ministarstvo unutrašnjih poslova i druge institucije).
Prve aktivnosti na istraživanju novih lokacija masovnih grobnica bile su slanje službenih pisanih zahtjeva za pružanje informacija i ostvarivanje neposrednih kontakata sa nadležnim vladinim ministarstvima i službama. Zahtjevi su se prvenstveno odnosili na broj ekshumiranih i identifikovanih posmrtnih ostataka te na broj do sada obrađenih grobnica koje su u vezi sa događajima u Srebrenici 1995.
U očekivanju odgovora na pomenute službene dopise, članovi Komisije su održali sastanke na najvišem nivou sa predstavnicima Haškog tribunala, SFOR-a i EUPM-a. Od ovih organizacija je traženo da pruže sve raspoložive informacije o novim lokacijama potencijalnih masovnih grobnica koristeći sve ljudske i druge kapacitete koji im stoje na raspolaganju. Da bi se dao što detaljniji uvid u veličinu i kompleksnost ovog problema, Komisija je odlučila da prikupi podatke vezane za broj identifikovanih i sahranjenih žrtava kao i za broj i tip grobnica koje su otkrivene prije formiranja Komisije.
Predstavnici Haškog tribunala informisali su članove Komisije, prilikom njihove posjete Hagu 17. februara 2004, da je u periodu kada je ICTY vršio ekshumacije sa svojim timovima (od 1996. i 1998. do 2000) ukupno obrađeno 26 masovnih grobnica u kojima su nađena lica nastradala u događajima u i oko Srebrenice.
Takođe je rečeno da su, kada je Haški sud prekinuo sopstveni program ekshumacija na terenu 2000. godine, sve informacije o lokacijama masovnih grobnica proslijeđene na dalju obradu Federalnoj komisiji za traženje nestalih. Od tada do 2003. godine Federalna komisija za traženje nestalih obavila je ekshumacije više desetina grobnica. Zbog velikog procenta sekundarnih grobnica i činjenice da se u njima nalaze uglavnom pomiješani posmrtni ostaci više lica, odnosno dijelovi tijela, nemoguće je sa sigurnošću reći koliko je lica do sada ekshumirano, bilo od strane ICTY-ja ili Federalne komisije. Od ukupnog broja ekshumiranih tijela identifikovana su 1332 lica, od kojih je 980 sahranjeno u Memorijalnom centru u Potočarima (statistika Kantonalnog tužilaštva u Tuzli).
Komisija nije na osnovu raspoloživih podataka mogla utvrditi koliko je ekshumiranih grobnica bilo primarnog karaktera, a koliko sekundarnih i tercijarnih. Isto tako nismo mogli utvrditi koliko je ekshumirano cijelih tijela, a koliko skeletnih ostataka (vreća).
Upoređivanjem ovih podataka sa podacima o broju lica koja se još vode kao nestala (statistike MKCK-a, Haškog suda, udruženja porodica nestalih iz Srebrenice, i drugi) zaključili smo da postoji veliki broj grobnica koje do sada nisu otkrivene.
Uz navedene aktivnosti, preduzete u cilju otkrivanja novih lokacija masovnih grobnica, dugo vremena nijedna nova informacija nije podnesena Komisiji ni iz jednog od navedenih izvora. U pokušaju da se dobije informacija od šire javnosti (prvenstveno iz Republike Srpske), odlučeno je da se uspostavi posebna telefonska linija za anonimno pružanje informacija, kako o lokacijama masovnih grobnica, tako i o ostalim događajima koji su se desili izmedu 10. i 19. jula 1995. godine u Srebrenici. Komisija je pozvala premijera Republike Srpske Dragana Mikerevića da lično podrži ovu inicijativu, što je bilo od izuzetne važnosti s obzirom na političku atmosferu u javnosti RS, gdje se još uvijek odavanje informacija ovakve vrste smatra izdajom, a ne patriotskim činom.
Telefonska linija uspostavljena je 26. aprila 2004, nakon čega je Komisija putem medija javno apelovala na građane da pruže informacije. Još jedan apel javnosti uputio je premijer Republike Srpske, koji je pozvao sve koji imaju podatke o lokacijama grobnica da ih dostave Komisiji. Kampanju je u više navrata podržao i predsjednik Republike Srpske Dragan Čavić. Uprkos pokušajima da se dopre do savjesti onih koji imaju saznanja o događajima u i oko Srebrenice između 10. i 19. jula 1995, ovaj projekat doživio je neuspjeh. Do danas, samo je nekoliko relevantnih informacija dobijeno ovim putem.
U svom Prvom preliminarnom izvještaju od 14. aprila 2004, Komisija je naglasila da je do tada došla u posjed tek malog broja, uglavnom već poznatih informacija o dešavanjima u Srebrenici, te da je u pitanju opstrukcija rada Komisije od strane nadležnih institucija vlasti. Nakon podnošenja pomenutog izvještaja, visoki predstavnik za Bosnu i Hercegovinu Pedi Ešdaun 16. aprila na konferenciji za novinare najavljuje:
– Smjenu načelnika Generalštaba VRS-a i šefa vladinog sekretarijata za odnose sa Haškim tribunalom, koji su, prema mišljenju visokog predstavnika, bili odgovorni za opstrukciju rada Komisije;
– Upozorava ministre odbrane RS Milovana Stankovića i unutrašnjih poslova Zorana Đerića da moraju obezbijediti dostavljanje relevantnih informacija Komisiji (i to ne samo o lokacijama grobnica) prije podnošenja narednog mjesečnog izvještaja, 30. aprila 2004;
– Traži od predsjednika RS Dragana Čavića i premijera Dragana Mikerevića da lično preuzmu odgovornost za rad i uspjeh Komisije, te da se preko svojih savjetnika redovno informišu o radu Komisije. Nakon ove intervencije visokog predstavnika za BiH počele su pristizati informacije u vezi sa lokacijama masovnih grobnica kao i druga važna dokumentacija, što je rezultiralo znatnim napretkom u radu Komisije. Nakon primanja prvih informacija o potencijalnim lokacijama masovnih grobnica, kako od organa Vlade RS tako i od svjedoka na terenu, članovi Komisije koji su bili zaduženi za istraživanje ovog pitanja otpočeli su aktivnosti na provjeri vjerodostojnosti primljenih informacija te na utvrđivanju da li se zaista radi o novim, do sada nepoznatim, lokacijama. U slučajevima gdje su koordinate lokacija bile dostupne, Haški tribunal je zamoljen da provjeri svoje podatke i obavijesti Komisiju da li je navedena grobnica njima već bila poznata.
Uslijedila je serija predvizita potencijalnim grobnicama uz prisustvo i pomoć stručnjaka za ekshumaciju i ispitivanje grobnica. Tokom pomenutih predvizita, primjenjivane su važeće procedure i propisi koje primjenjuju entitetske komisije za traženje nestalih lica.
Faza ispitivanja je okončana posjetama, provjerama i preliminarnim verifikacijama tri primarne i 29 sekundarnih i tercijarnih grobnica, što znači da je Komisija, koristeći informacije dobijene od zvaničnih organa i tijela Vlade RS i svjedoka na terenu, prikupila informacije o postojanju 32 do sada nepoznate i neobrađene masovne grobnice sa tijelima Bošnjaka žrtava događaja u i oko Srebrenice od 10. do 19. jula 1995. godine. Nakon što su predvizite obavljene na 29 lokaliteta i proces verifikovanja primljenih informacija priveden kraju, članovi Komisije, davaoci izvještaja u vezi s ovim pitanjem, odlučili su da održe sastanak sa predsjedavajućim Federalne komisije za nestale osobe na kojem bi se utvrdilo postupanje s ovim izuzetno povjerljivim informacijama.
Istovremeno, pojačan je medijski pritisak i pritisak šire javnosti u Federaciji, posebno udruženja porodica nestalih, na Federalnu komisiju za preuzimanje informacija o novootkrivenim grobnicama i njihovo poređenje sa informacijama o 23 grobnice za koje je navodno od ranije znala Federalna komisija. Nakon obavljenih konsultacija i po odobrenju predsjednika Vlade Republike Srpske, 26. maja 2004. u Sarajevu su dva člana Komisije održala sastanak sa Amorom Mašovićem, na kojem je dogovorena posjeta svim novootkrivenim lokalitetima. Tako su 3. juna 2004. predstavnici Federalne komisije za nestale, predstavnici OHR-a i predstavnik policije RS u pratnji dva člana Komisije za istraživanje događaja u i oko Srebrenice od 10. do 19. jula 1995, posjetili sve lokalitete masovnih grobnica o kojima je saznanja dobila gore pomenuta Komisija sopstvenim istraživanjima.
Predstavnicima Federalne komisije, koja je jedini ovlašteni organ za obavljanje ekshumacija kad su u pitanju žrtve bošnjačke i hrvatske nacionalnosti, na samom početku posjete predat je dosije sa mapama, fotografijama, opisima mikrolokacija i koordinatama 28 grobnica. Osim ovih 28 lokacija, isti dan locirane su još tri grobnice za koje dokumentacija nije bila pripremljena jer je informacija o njima primljena neposredno pred predvizitu.
Komisija je raspolagala saznanjem o još jednoj primarnoj grobnici (jama) sa oko 80 tijela lica nestalih u događajima u i oko Srebrenice u drugoj polovini jula 1995. godine. Ova grobnica se nalazi u opštini Šekovići. S obzirom na to da i Federalna komisija raspolaže navedenim saznanjima, lociranje iste nije obavljeno. Na kraju posjete, predsjedavajući Federalne komisije preliminarno je ocijenio da su Federalnoj komisiji od 31 posjećene lokacije, osam lokacija potpuno nepoznate. Komisija raspolaže saznanjima o još nekoliko masovnih grobnica na području opština Bratunac, Srebrenica, Zvornik, Šekovići i Osmaci, a u kojima se također nalaze posmrtni ostaci srebreničkih žrtava.
Prema mišljenju stručnjaka, uz trenutno stanje resursa na polju ekshumacija i identifikacija, obrada pomenutih lokacija će trajati mjesecima, a na početak radova ce se čekati možda i nekoliko godina. Ovakvo mišljenje zasniva se na slijedećim činjenicama:
• veliki broj grobnica je smješten na lokalitetima teškim za rad;
• većina grobnica, tokom proteklih godina, prekrivana je velikom količinom smeća i drugog otpada;
• program ekshumacija u BiH za 2004. godinu već se odvija, a prioritet imaju lokacije iz 1992. godine;
• ograničeni su ljudski i drugi resursi potrebni za rad na grobnicama.
Važno je napomenuti da se svaka masovna grobnica tretira kao mjesto zločina i zato ekshumacija ne podrazumijeva samo iskopavanje posmrtnih ostataka. Potrebno je prisustvo velikog broja stručnjaka (tužilaca, krim-tehničara, patologa, antropologa/arheologa itd.), manuelnih radnika i opreme (bageri, svjetla, ljestve itd.) da bi se posao pravilno obavio i rezultati bili verifikovani od strane nadležnog kantonalnog tužioca. Iz perspektive Komisije, a u smislu utvrđivanja broja tijela osoba koja se trenutno nalaze u pomenutim grobnicama, ubrzanje procesa ekshumacija i identifikacija jeste krucijalno pitanje. Tačna ocjena o broju tijela, ili dijelova tijela, koja se nalaze u svakoj od pomenutih grobnica, neće biti moguća prije nego što se obave ekshumacije na svim lokacijama, uzmu uzorci kostiju sa otkopanih posmrtnih ostataka, izdvoje DNK profili i unesu u bazu podataka ICMP-a u okviru DNK programa identifikacija.